行政管理辦公室：

負責協助院領導組織協調安排學校各部門安排的日常工作、會議、活動；院內文件起草、修訂和管理；科研院門戶網站及宣傳工作；日常行政運行管理；牽頭科研院保密工作。

橫向科研與校地合作管理辦公室：

產學研推廣與專利等成果轉化，產學研合作188金宝搏亚洲体育app-下载，成果轉化188金宝搏亚洲体育app-下载；各地方研究院188金宝搏亚洲体育app-下载、技術轉移中心建設與管理；省市縱向攻關項目管理，民品橫向科研項目立項188金宝搏亚洲体育app-下载；技術合同免稅。

民用基礎研究與交流辦公室：

國家基金等基礎科研項目管理；學會協會、學術交流管理。

高新技術辦公室：

負責科技部、工信部等國家各部委計劃類科研項目188金宝搏亚洲体育app-下载、民口重大科技專項188金宝搏亚洲体育app-下载、國際科技合作基地等科研工作。

人才與成果辦公室：

省市188金宝搏亚洲体育app-下载、部委188金宝搏亚洲体育app-下载、國家及協會等獎勵培育、申報工作；科技人才類項目培育、申報、科研服務188金宝搏亚洲体育app-下载；成果培育與統計。

人文與知識產權中心：

1.人文社科類項目策劃、組織、申報188金宝搏亚洲体育app-下载、管理188金宝搏亚洲体育app-下载；人文項目獎勵申報。
2.專利和軟件著作權申請、代理、答復和維護管理；知識產權培訓、宣傳；知識產權戰略研究。

國防基礎研究管理辦公室：

負責國防科工局、軍委科技委188金宝搏亚洲体育app-下载、裝備發展部科研項目論證與立項、管理。

國防裝備科研管理辦公室：

負責各軍兵種裝備部、各戰區裝備保障部及各行業軍工集團（研究所188金宝搏亚洲体育app-下载、工廠）等國防、軍工科研項目論證與立項188金宝搏亚洲体育app-下载；重點型號工程等校級項目全過程管理。相關軍品橫向項目立項。

重點實驗室與條件建設科：

負責省部級以上科研實驗室、工程中心等論證與運行管理、科研條件固定資產投資論證。

質量管理辦公室：

負責科研項目質量管理、武器裝備承制資格和科研生產許可；產品質量檢驗；計量管理；科研實驗室管理及科技統計。

項目管理辦公室：

負責科研項目計劃管理、財務預審、服務大廳科研窗口188金宝搏亚洲体育app-下载188金宝搏亚洲体育app-下载、一般型號生產管理及免稅、科研保密、科研項目過程數據統計，科研信息管理系統。

重大專項辦公室：

組織多學科合作重大方向的技術體系論證和重大科研項目立項策劃和校內外合作實施全過程監管188金宝搏亚洲体育app-下载。

艦船仿真中心：

艦船仿真中心日常管理188金宝搏亚洲体育app-下载；高性能計算188金宝搏亚洲体育app-下载；軟件測試及相關研究工作。